色譜方法開發通常耗時且費力。大家常采用的方法是，用已經習慣使用的溶劑、pH條件、緩沖鹽、以及常用色譜柱的組合，作為起始條件，然后對流動相的比例進行一系列的調整，直至獲得比較滿意的峰形與分離。但這樣的工作方式，通常極為耗時，而且也并不能獲得最佳分離條件。更為系統性的方法策略，是利用好的實驗設計，并遵循以下流程，進行高效、高質量的反相色譜方法開發。這個方法開發流程包括：1.方法篩選：流動相pH、有機溶劑、以及色譜柱，作為對選擇性影響最大、因而也是最重要的條件因素，首先被加以篩選。2.方法優化：對以上得到的所有結果，評估這三個因素的何種組合，獲得了最佳分離效果。在這個組合條件的基礎上，進行優化或微調，以獲得最終想要的結果。3.方法驗證：對最終的方法進行驗證，檢查它是否滿足預期的分離效果與分析目的。

方法篩選的影響因素：1.PH的影響：當分析物含有可電離官能團時（可電離官能團指，在不同的pH條件下可處于不同程度的電離狀態，例如：伯/仲/叔胺基、羧酸基、酚酸基），pH條件將強烈影響分析物的反相保留效果，pH條件的改變也會造成最強烈的選擇性改變效果。酸性和堿性化合物在其未電離狀態下時反相保留最大，中性化合物的保留不受pH影響。PH的選擇與色譜柱的選擇——對于帕羅西汀和它的有關物質B、D、G、F，因其胺基結構在不同pH條件下電離狀態不同，使用pH 10條件比pH 3條件能夠獲得更強的保留和更好的分離選擇性。由于具有更高分辨率和更好的選擇性，pH 10是適合被測物的pH值。下一步是評估在相同pH 10值下三種不同色譜柱的色譜圖，以選擇具有最佳分辨率的色譜柱。三種色譜柱都顯示了可檢測所有組分的能力，由于C18的通用性，因此選擇BEH C18色譜柱來對比不同有機改性劑的選擇性。2. 色譜柱的影響: 在選擇色譜柱進行分析方法開發時，應充分認識，色譜填料基質(硅膠顆粒、雜化顆粒、聚合物顆粒)因其化學性質不同而會提供不同的保留與選擇效果。在傳統的HPLC系統上，隨著可變的pH值和有機溶劑的組合，篩選一系列的色譜柱，會花費大量的時間。使用ACQUITY UPLC色譜柱管理器、高分辨的亞2 μm短柱，配合ACQUITY UPLC系統，將大大縮短這個過程，從以往的數天時間減少到數小時。3.有機溶劑的影響:甲醇和乙腈，是用于反相分離的典型有機溶劑。除了洗脫強度、粘度(與柱背壓有關)、紫外吸收性不同，甲醇與乙腈在化學選擇性上也有所不同，甲醇可以發生氫鍵作用，因此會提供顯著不同的選擇性。甲醇，洗脫能力較弱，質子化溶劑，提供氫鍵作用；乙腈，非質子化溶劑，洗脫能力較強，粘度較低（柱背壓更低）。

方法優化：有幾個參數可以用來調整或優化色譜分離效果。梯度斜率是一個用來操作以控制保留和選擇性的物理參數。但是，梯度斜率經常在分離度和靈敏度之間做平衡考量。另外一個可以優化的參數是溫度。每個化學過程都受溫度影響，溫度可以提供明顯的不同選擇性。色譜方法開發：當有關物質濃度降低時，有關物質B和D與主峰帕羅西汀的分離度明顯減少。這是由于組分與帕羅西汀峰的不同濃度水平造成。這時需要進一步的優化。1.方法優化與梯度斜率：更緩的梯度斜率可以提高分離度，降低梯度斜率將降低靈敏度；更陡的梯度斜率可能壓縮色譜峰，經常會導致分離度的降低，增加梯度斜率將增加靈敏度；改變梯度斜率時要平衡峰高與分離度的關系；改變保留與選擇性。2.方法優化與溫度：減少流動相粘度；降低背壓，如果流速保持常數；提高分析物的擴散，更高的優化線速度；改變保留與選擇性；溫度會影響中間的每一個化學過程，例如增加溫度會降低移動相的粘度，如果流動速度恒定將導致系統背壓降低，高溫將改變固定相和流動相之間的分配速率，然而由于提高了被測物分散性，會加快優化線性速度。對溫度變化敏感的化合物，溫度的微小變化都會導致選擇性發生獨特變化。

方法驗證提示：方法驗證用于確認分析方法的特性能否滿足應用要求，驗證過程中需要評估的典型色譜法特性是專屬性、線性、范圍、檢測限、定量限、準確度、精度、穩定性。分析方法驗證經常是由多個步驟組成的反復人工過程，需要進行大量的色譜測試，以充分評估所有八種特性，審視、計算和管理這些過程獲得的所有數據可能具有一定的難度。Empower方法驗證管理器采用自動化的驗證過程，使數據審視更加順暢，極大提高了驗證過程的效率和可靠性。總之，通過使用包括摸索試驗和驗證的方法可明顯提高色譜測試方法的開發效率。設計試驗研究包括影響選擇性的多個參數，例如固定相、pH值、有機改性劑，自動化運行極大加速了測試方法開發流程。合理審視數據后，完成最終測試方法經常是微調和優化如梯度坡度和溫度等變量的過程。為了保證所開發的方法能夠滿足應用要求，需要使用前面確定的性能參數對方法進行驗證。